Im Jahr 2012 wurde der Wunsch nach Modernisierung im Innenraum der Kirche umgesetzt. Seitdem schmücken die prägenden roten Elemente das moderne Innenbild der St. Johanniskirche und verleihen ihr ihren ganz eigenen sakralen Stil.

Auch wenn bekannte protestantische Gelehrte wie Andreas Bodenstein aus Karlstadt stammen oder Johannes Drach, Johann Schöner und Michael Beuther in Karlstadt wirkten - ihr Wirken für den Protestantismus passierte ferab ihrer Heimatstadt.

Der Bau der evangelischen Kirche in Karlstadt beginnt Anfang des 20. Jahrhunderts. Mit der Gründung der PORTLAND-CEMENT-FABRIK im Jahr 1887 vergrößerte sich die Anzahl der protestantischen Gläubigen in Karlstadt durch Zuzug evangelischer Betriebsangehöriger aus anderen Städten. Zwei Jahre später wurde die rasch wachsende evangelische Gemeinde in die bestehende Gemeinde Thüngen eingepfarrt.

In Karlstadt selbst gab es zu diesem Zeitpunkt noch keine eigene Kirche. Die Gottesdienste wurden zuerst in der Kantine des Zementwerks, später in verschiedenen Gaststätten gefeiert. Inzwischen war die evangelische Gemeinde Karlstadt auf 300 Gemeindeglieder angewachsen. Am 12. Mai 1901 fällte die zuständige Kirchenverwaltung schließlich die Entscheidung, in Karlstadt ein evangelisches Schul- und Gebetshaus zu errichten. Im April 1903 fand die Grundsteinlegung statt, bereits im Jahr darauf am 26. Juni 1904 (Johannistag) weihte man das im Jugendstil errichtete Schul- und Gebetshauses ein. Anders als anfänglich geplant hatte man das Treppenhaus zu einem kleinen Glockenturm ausgebaut und es mit drei Glocken aus der Glockengießerei von Franz Schilling bestückt. Wenngleich zwei der Glocken mehrmals während der Kriegszeiten (erstmals 1917 und später im 2.Weltkrieg) zu Rüstungszwecken abgezogen worden waren und danach mühsam ersetzt werden mussten: die kleinste Glocke rief immer zum evangelischen Gottesdienst in das Gotteshaus in der Arnsteiner Straße.

Die Fillialkirchengemeinde Karlstadt wurde mit ihren umliegenden Orten im Jahr 1911 ein sogenanntes „Exponiertes Vikariat“ von Thüngen, was bedeutete, dass sie von nun an einen eigenen Pfarrvikar hatte. Weitere 40 Jahre später, am15. Juli 1951, wurde Max Amend zum ersten eigenständigen Pfarrer der nun ganz selbständigen evangelischen Kirchengemeinde Karlstadt geweiht.

Die Gottesdienste in der Kirche St. Johannis finden in der Regel jeden Sonntag um 10.30 Uhr statt.